Apple ギフトカードを2枚持っていますが、一つの商品に2枚使えますか？

失礼致します。

一つの商品を購入する時、2枚同時に利用出来ますか？

はい、下記リンクの「Apple Gift Card」の項目に、以下（抜粋）の様に記載されていますので、一度に 8 枚まで の Apple ギフトカードを利用可能です。

• Apple からオンラインで購入する際、または電話（0120-993-993）で注文する際、一度に 8 枚までの Apple Gift Card をご利用頂けます。

お支払い方法のご案内 - ショッピングのサポート - Apple（日本）

また、D300 さんもお書きですが、下記リンクの手順で Apple ギフトカードの金額を Apple アカウントにチャージ して置けば、下の画像の様に Apple アカウントの残高内であれば、Apple ギフトカードの枚数等を気にせずに使用出来ます。

Apple Gift Card や App Store & iTunes ギフトカードの使い方 - Apple サポート (日本)

AppleIDにチャージして使うので、まずは両方チャージすれば良いと思いますけど…ー